KEGANASAN van der Heijden selaku pemimpin sipil dan militer di Aceh menjadi sorotan oleh kalangan internal Belanda. Sikapnya yang tidak beradab dalam menghadapi Aceh bahkan disebut sebagai prilaku bar-bar. Hal inilah yang membuat Belanda mempertimbangkan kembali posisi van der Heijden sebagai penguasa tertinggi di Aceh.
Dr Julius Jacobs dalam buku “Het Familie en kampongleven in Groot Atjeh” bahkan memaparkan fakta-fakta memalukan yang dilakukan oleh Belanda di bawah kepemimpinan Heijden. Dia meminta parlemen Belanda tidak melupakan keganasan yang dilakukan oleh tentara mereka di Aceh tersebut.
Tentang kebrutalan Belanda ini, Dr Jacobs mengaku melihatnya sendiri di lapangan ketika berada di Aceh.
“… Men spreke niet van oorlogsrecht, zools mij zoo dikwijls is voorgeworpen. Oorlogrecht is het iemand neer te schieten, die met een klewang of donderbus in de hand op ons toetreedt of in onze handen valt; doch het is geen oorlogsrecht wanneer een grijsaad en een jongen van 12 jaar, die op de sawah werkzaam en beiden ongewapen zijn, worden neergeschoten (seseorang tidak dapat berbicara tentang hukum perang, seperti yang sering disampaikan kepada saya. Merupakan hak perang untuk menembak seseorang yang mendekati atau menyerang kita dengan klewang atau blunderbuss di tangan, tetapi bukan hukum perang ketika seorang tua bangka dan seorang anak laki-laki berusia 12 tahun yang sedang bekerja di sawah, tanpa senjata, ditembak begitu saja,” tulis Dr Jacobs menyorot keganasan van der Heijden.
Tentu saja van der Heijden yang menghadapi sidang militer membantah semua tuduhan atas dirinya, termasuk aksi pembongkaran makam para Sultan Aceh. Dia mengatakan kebijakan serupa juga dilakukan oleh para Gubernur Belanda di Aceh sebelum dia berkuasa. (Baca: Jejak Gubernur Belanda di Aceh).