Pertikaian antar saudara serumpun itu dipicu oleh penolakan Indonesia terhadap pendirian Federasi Malaysia. Soekarno menilai, pembentukan Federasi Malaysia tak lebih dari salah satu bentuk persekongkolan kolonialis dan membahayakan Indonesia. Apalagi kala itu Indonesia baru saja mendeklarasikan kemerdekaannya.
Sementara Pramoedya Ananta Toer dalam pengantarnya untuk buku karya Greg Poulgrain The Genesis of Konfrontasi: Malaysia, Brunei, Indonesia 1945-1965 menyebut, konfrontasi sebagai upaya untuk membantu gerakan perjuangan antikolonialisme.
Pram menyebutkan Inggris kala itu tidak siap kehilangan sumber mata uang dari Malaya, sebutan lama untuk Malaysia. Inggris juga belum rela kehilangan sumber daya dari Singapura serta Kalimantan Utara atau Brunei Darussalam.
